ปัญหาในกระบวนการยุติธรรมโดยเฉพาะการดำเนินคดีความมั่นคงกว่า 8,200 คดียังคงเป็นประเด็นที่น่าติดตาม โดยเฉพาะในแง่ของศักยภาพและประสิทธิภาพในการหาตัวผู้กระทำผิดมาลงโทษ เพราะปฏิเสธไม่ได้ว่าความอ่อนแอของกระบวนการยุติธรรมที่ชายแดนใต้ได้กลายเป็นเงื่อนไข "ความไม่เป็นธรรม" ที่ทำให้ความรู้สึกลบต่อภาครัฐขยายตัวในหมู่ประชาชน

          โดยเฉพาะคดีที่ศาลมีคำพิพากษายกฟ้อง แต่ระหว่างการต่อสู้คดี ผู้ต้องหาหรือจำเลยกลับไม่ได้รับการปล่อยตัวชั่วคราวหรือประกันตัวเลย ทำให้พวกเขาต้องติดคุกฟรีรายละมากกว่า 2 ปี บางรายอาจถึง 5 ปี แม้จะมีเงินค่าทดแทนจากรัฐที่จ่ายตามพระราชบัญญัติค่าตอบแทนผู้เสียหาย ค่าทดแทนและค่าใช้จ่ายแก่จำเลยในคดีอาญา พ.ศ.2544 แต่ก็มีเงื่อนไขมากมาย และเป็นเงินเพียงน้อยนิด ไม่มีทางเทียบได้กับเวลาและอิสรภาพที่สูญเสียไป

          ล่าสุดดูเหมือนปัญหาของกระบวนการยุติธรรมจะหนักหน่วงขึ้น เมื่อมีข้อมูลจากสำนักงานอธิบดีผู้พิพากษาภาค 9 รายงานความคืบหน้าการพิจารณาคดีความมั่นคงของรัฐในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ระบุว่า ในปี 2554 ที่เพิ่งจะผ่านพ้นไป มีคดีที่ขึ้นสู่ศาลและศาลมีคำพิพากษาจำนวน 214 คดี พิพากษายกฟ้องมากถึง 168 คดี คิดเป็นร้อยละ 78.50 พิพากษาลงโทษเพียง 40 คดี คิดเป็นร้อยละ 18.69 นับเป็นสถิติการยกฟ้องที่สูงที่สุดนับตั้งแต่มีสถานการณ์ไฟใต้เป็นต้นมา

          ปริมาณคดีที่ศาลพิพากษายกฟ้องในปี 2554 พุ่งสูงขึ้นจากปี 2553 ซึ่งตามตัวเลขก็มีสถิติที่สูงอยู่แล้ว กล่าวคือ ในปี 2553 มีคดีที่ศาลพิพากษา 106 คดี ยกฟ้อง 79 คดี คิดเป็นร้อยละ 74.53 พิพากษาลงโทษ 23 คดี คิดเป็นร้อยละ 21.68

          ขณะที่สถิติการยกฟ้องคดีในปี 2553 ก็สูงขึ้นจากปี 2552 กล่าวคือ ในปี 2552 มีคดีที่ศาลพิพากษาจำนวน 94 คดี ยกฟ้อง 60 คดี คิดเป็นร้อยละ 63.83 พิพากษาลงโทษ 30 คดี คิดเป็นร้อยละ 31.91

          ตั้งแต่ปี 2549 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน มีเพียง 2 ปีเท่านั้นที่คดีความมั่นคงมีอัตราส่วนที่ศาลพิพากษาลงโทษเกินกว่าครึ่งหนึ่ง หรือร้อยละ 50 นั่นคือปี 2550 มีคดีที่ศาลพิพากษาจำนวน 36 คดี ยกฟ้อง 11 คดี คิดเป็นร้อยละ 30.56 พิพากษาลงโทษ 25 คดี คิดเป็นร้อยละ 69.44 อีกปีหนึ่งคือปี 2551 มีคดีที่ศาลพิพากษาจำนวน 57 คดี ยกฟ้อง 26 คดี คิดเป็นร้อยละ 45.61 พิพากษาลงโทษ 29 คดี คิดเป็นร้อยละ 50.88

          ส่วนปี 2549 มีคดีที่ศาลพิพากษาทั้งสิ้น 14 คดี ยกฟ้อง 8 คดี คิดเป็นร้อยะ 57.14 พิพากษาลงโทษ 6 คดี คิดเป็นร้อยละ 42.86

          อย่างไรก็ดี ที่ผ่านมามีความพยายามจากหลายฝ่าย โดยเฉพาะตำรวจที่ชี้แจงถึงสาเหตุที่ทำให้คดียกฟ้องจำนวนมากว่าไม่ได้มาจากประสิทธิภาพการทำงานของพนักงานสอบสวนแต่เพียงอย่างเดียว แต่คดีความมั่นคงที่ชายแดนใต้มีลักษณะพิเศษ คือ ไม่ค่อยมีพยานยอมให้ความร่วมมือ และพยานในคดีส่วนหนึ่งมักกลับคำให้การในชั้นศาล บ้างก็หนีหาย ไม่ยอมขึ้นให้การ ซึ่งทั้งหมดล้วนเป็นปัจจัยที่ทำให้ศาลพิพากษายกฟ้องทั้งสิ้น

          ช่วง 2-3 ปีหลัง กระทรวงยุติธรรมได้แสดงบทบาทเข้ามาแก้ปัญหานี้ และมีความเปลี่ยนแปลงไปในทางที่ดีขึ้นบางประการ เช่น สำนักงานอัยการเขต 9 ซึ่งรับผิดชอบพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้ให้นโยบายแก่พนักงานอัยการว่า ไม่ควรสั่งฟ้องคดีที่พิจารณาแล้วเห็นว่าพยานหลักฐานไม่ชัดเจนเพียงพอที่จะเอาผิดได้ และให้เลิกแนวคิดที่ว่า "เอาตัวไว้ในกระบวนการยุติธรรมก่อน" ด้วยการสั่งฟ้องขึ้นศาลไป ซึ่งจากนโยบายใหม่ดังกล่าวทำให้ในระยะหลังมีสถิติคดีที่พนักงานอัยการมีความเห็น "สั่งไม่ฟ้อง" สูงขึ้น และก็ช่วยให้ผู้ต้องหาได้อิสรภาพเร็วขึ้น ไม่ต้องถูกคุมขังนานหลายปีระหว่างการต่อสู้คดีในชั้นศาล แต่กระนั้น นโยบายดังกล่าวก็ยังไม่ส่งผลทันทีต่อสถิติคดีความมั่นคงถึงขั้นทำให้สัดส่วนคดีที่ศาลพิพากษาลงโทษสูงขึ้นกว่าเดิม

          นอกจากนั้น กระทรวงยุติธรรมยังเคยจัดสัมมนาหน่วยงานในกระบวนการยุติธรรมชายแดนใต้ทุกหน่วยเพื่อระดมสมองหาช่องทาง "ปิดจุดอ่อน" ของการดำเนินคดีความมั่นคง ปรากฏข้อสรุปเบื้องต้นว่า กระบวนการยุติธรรมลำดับต้นในชั้นรวบรวมพยานหลักฐานยังมีปัญหาและข้อจำกัดในการทำงานอยู่มาก จึงเสนอให้ตั้ง "กรมสอบสวนคดีความมั่นคง" ขึ้นเป็นหน่วยงานพิเศษเฉพาะกิจ คือมีวาระการทำงานเพื่อสะสางคดีความมั่นคงในจังหวัดชายแดนภาคใต้เท่านั้น ไม่ใช่เป็นหน่วยงานถาวร แต่ข้อเสนอนี้ก็ไม่ได้รับการสานต่อจากผู้มีอำนาจในระดับนโยบาย

          เป็นที่น่าสังเกตด้วยว่า จากสถิติการยกฟ้องคดีเกือบร้อยละ 80 ในปีที่ผ่านมา ประเมินได้ว่าฝ่ายความมั่นคงจะถูกกดดันอย่างหนักจากภาคประชาสังคม และองค์กรด้านสิทธิมนุษยชนที่เคลื่อนไหวอยู่ในพื้นที่อย่างแน่นอน โดยเฉพาะให้ยกเลิกการบังคับใช้กฎหมายพิเศษอย่างพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 (พ.ร.ก.ฉุกเฉินฯ) ซึ่งในช่วงไตรมาสสุดท้ายของปี 2554 หลังเปลี่ยนรัฐบาล ก็มีการรณรงค์เรียกร้องอย่างกว้างขวางมาแล้ว และเหตุผลสำคัญประการหนึ่งของการเรียกร้องก็คือ คดีความมั่นคงที่ชายแดนใต้มีสถิติการยกฟ้องสูงมาก สะท้อนให้เห็นถึงความด้อยประสิทธิภาพในการใช้กฎหมายพิเศษควบคุมตัวผู้ต้องสงสัยและผู้ต้องหา เพราะถึงที่สุดแล้วก็ไม่สามารถพิสูจน์ความผิดได้ กลายเป็นบาดแผลทางความรู้สึกในวงกว้างที่ยากจะเยียวยา