หนังสือพิมพ์จาการ์ตา โพสต์ รายงานเมื่อวันที่ 21 ก.ย.ว่า คณะผู้แทนจากรัฐบาลไทย และตัวแทนชุมชนมุสลิมทางตอนใต้ของประเทศไทย ได้ปิดฉากการเจรจาครั้งประวัติศาสตร์ที่รัฐบาลอินโดนีเซียทำหน้าที่เป็นคนกลาง ที่ทำเนียบประธานาธิบดีโบกอร์ จังหวัดชวาตะวันตกแล้ว โดยทั้งสองฝ่ายเห็นพ้องที่จะยุติความขัดแย้งนองเลือดในพื้นที่
 หนังสือพิมพ์ยักษ์ใหญ่ของอินโดนีเซีย รายงานว่า ทั้งสองฝ่ายให้คำมั่นที่จะเปิดเจรจาครั้งต่อไปในเดือน พ.ย.นี้ เพื่อพยายามหาทางบรรลุข้อเรียกร้องของกลุ่มตัวแทนชุมชนมุสลิมที่เรียกร้องขอความยุติธรรม การพัฒนาทางเศรษฐกิจ และสิทธิที่จะใช้ภาษามลายูในพื้นที่
 ทั้งนี้ รัฐบาลไทยส่งผู้แทนเข้าร่วมเจรจารวม 5 คน ภายใต้การนำของ พล.อ.ขวัญชาติ กล้าหาญ ที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม และอดีตแม่ทัพภาคที่ 4 ขณะที่คณะเจรจาของตัวแทนชุมชนมุสลิมมีแกนนำของกลุ่มที่เรียกตัวเองว่า Pattani Malay Consultative Congress (สภาที่ปรึกษาปัตตานีมาเลย์) โดยมีรองประธานาธิบดียูซุฟ กัลลา ของอินโดนีเซีย ทำหน้าที่เป็นผู้ไกล่เกลี่ยในการประชุมแบบปิด และมี นายฟัครี อาลี กับ นายอานีส บาสวีดาน ผู้เชี่ยวชาญด้านการเมือง จากมหาวิทยาลัยแห่งอินโดนีเซีย และมหาวิทยาลัยพารามาดินาเป็นที่ปรึกษาให้กับนายกัลลา นอกเหนือจาก นายเอ็ม. ฮัตตา เอกอัครราชทูตอินโดนีเซียประจำประเทศไทย
 นายฟัครี เปิดเผยภายหลังการประชุมว่า การเจรจาครั้งนี้มีความคืบหน้าอย่างเป็นรูปธรรม โดยทั้งสองฝ่ายเห็นพ้องที่จะยุติความขัดแย้ง ขณะที่ นายอานีส ระบุว่า  การเจรจาครั้งนี้ถือเป็นพื้นฐานที่แข็งแกร่งสำหรับการเจรจารอบต่อไป เพราะตัวแทนของทั้งสองฝ่าย ต่างก็ต้องการที่จะฟังความต้องการของอีกฝ่ายหนึ่ง
 ด้านสำนักข่าวไทย รายงานโดยอ้างคำแถลงของโฆษกทำเนียบประธานาธิบดีอินโดนีเซียว่า การเจรจาจัดขึ้นที่ทำเนียบประธานาธิบดีในเมืองโบกอร์ ห่างจากกรุงจาการ์ตาไปทางใต้ 50 กิโลเมตร โดยมี รองประธานาธิบดียูซุฟ กัลลา ของอินโดนีเซียเป็นคนกลาง มีตัวแทนกลุ่มมุสลิม 5 คน เจรจากับตัวแทนรัฐบาลไทย ซึ่งมี พล.อ.ขวัญชาติ กล้าหาญ ร่วมคณะ การเจรจา 2 วันเสร็จสิ้นแล้วในวันนี้ (21 ก.ย.) โดยอินโดนีเซียต้องการส่งเสริมให้ทั้งสองฝ่ายหาทางออกทางการเมืองอย่างสันติ
 อย่างไรก็ดี นายธฤต จรุงวัฒน์ อธิบดีกรมสารนิเทศ กระทรวงต่างประเทศ แถลงว่า รัฐบาลไม่ได้ส่งตัวแทนไปเจรจาในอินโดนีเซีย และไม่ได้ขอให้อินโดนีเซียทำหน้าที่คนกลางในการเจรจา เพราะจุดยืนของไทยคือสถานการณ์ในภาคใต้เป็นเรื่องภายในประเทศ และจะไม่เจรจากับกลุ่มติดอาวุธ
 มีรายงานด้วยว่า รองประธานาธิบดีกัลลา เคยมีบทบาทสำคัญในการเจรจาสันติภาพอาเจะห์ เมื่อปี 2548 จนสามารถยุติความขัดแย้งที่ดำเนินมาร่วม 30 ปี ขณะที่สถานีโทรทัศน์เมโทรของอินโดนีเซีย รายงานว่าอาจจะมีการเจรจารอบใหม่ที่เมืองโบกอร์ ในเดือน พ.ย.